Cillar de Silos tiene la crianza de sus vinos en dos zonas: en una bodega tradicional subterránea y en un edificio moderno. Veamos cada una:
-Bodega tradicional subterránea (data de finales del S. XVII): El acceso se realiza a través de un antiguo lagar con la entrada orientada al sur. Es la unión dos bodegas tradicionales de la misma época excavadas a gran profundidad, la inferior 3 metros más profunda que la superior, estando conectadas por una escalera. Las cuevas tienen aproximadamente 3,5 metros de ancho por 4 metros de alto. Se utilizan para botellero.
-Bodega moderna: Dispone de una construcción específica e independiente para albergar las barricas y el botellero, dividido en dos plantas. La sala de crianza tiene una superficie de 26 x 12x 4,5 metros y ocupa todo el sótano del edificio, con la nave botellero en el nivel superior. Las dos plantas se comunican tanto por unas escaleras como por un montacargas.
En el año 2019 Cillar de Silos acabó su proyecto “Dominio de Pidio”; que consiste en recuperar 7 bodegas subterráneas datadas de finales del siglo XVI. La elaboración del vino en este nuevo proyecto es como se hacía hace años con depósitos de hormigón y crianza en fudres, de 500 a 1000 litros.